主要来自于动物宿主，故为人畜共患的自然疫源性疾病。蚊虫、鸟类、蝙蝠、家畜均可感染。蚊虫可携带病毒过冬，并经卵传代，为重要储存宿主。由于猪的感染率极高（仔猪在流行季中感染率可接近100%)，病毒载量大，病毒血症持续时间长，猪的饲养面广，故为主要传染源。
乙型脑炎病毒在猪间传染常早于人间传染1～2个月，故监测猪的感染率有助于预测人群的流行趋势。人感染乙型脑炎病毒后病毒载量少，病毒血症持续时间短，故感染者不是主要传染源。
主要通过蚊虫叮咬传播；库蚊、伊蚊、按蚊中均有一些种可以传播本病，但以三带喙库蚊为主要传播媒介。蚊虫叮咬宿主后，乙型脑炎病毒进入蚊虫体内繁殖，随后移行入唾液腺，大量分泌到唾液中，叮咬易感宿主时可导致传播。
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