黄体功能不全争议的关键点，一是没有可靠的诊断方法，二是黄体功能不全和流产的关系也是不清不楚。但是，有充分的证据证明，黄体功能不全是真实存在的。比如，在人工辅助生殖技术中，补充孕酮，支持黄体治疗能够明显提高妊娠成功率，减少流产率。
怎么能够在没有怀孕的时候就发现有没有黄体功能不全呢？
当生育年龄女性出现上面的症状，或者出现反复早孕期流产，就要怀疑是否有黄体功能不全。这时，需要做进一步的检查帮助诊断。常用的诊断方法包括：基础体温测定、黄体中期测血清孕酮水平、超声监测。但最可靠的诊断方法是，用超声和血清促黄体激素峰值来确定排卵日期之后，在排卵后12天取子宫内膜，如果子宫内膜病理提示，子宫内膜组织学发展，相对于月经周期落后了2天以上，就可以明确诊断黄体功能不全了。但是，做子宫内膜活检有创伤，很多患者很抗拒这种痛苦的检查方式，因此并不能作为常规方法采用。临床上，常常综合基础体温、黄体中期孕酮值以及超声检查来判断。
在妊娠期，黄体功能常常由孕酮数值来衡量。但是，早期妊娠的孕酮值，不仅反映了黄体功能，还和滋养层（主要发育成胎盘）的功能有关系。而且，孕酮水平低，很多时候是胎儿发育异常的结果，跟卵巢和滋养层功能无关。因此，早孕期，不能简单的根据一次的孕酮数值来判断黄体功能不好，更不能根据一次黄体数值偏低就预测可能发生流产。
孕早期的黄体酮数值，主要是看一个动态变化的趋势。理论上，孕酮数值在妊娠5-8周，应该是一个相对稳定的数值范围内。如果在某个时间，孕酮水平突然明显下降或者呈现逐渐进行性加重的下降趋势，则有可能早期流产。曾经有学者报道，如果血清孕酮值<12.2ng/ml，发生流产的概率可能大幅升高。但是，早孕期除了卵巢分泌孕酮，胎盘也有分泌孕酮的功能。因此，血清孕酮值降低，并不能百分百预示就要流产了。
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