迄今为止，远洋轮船燃料最主要的仍然是重油。也有少量轮船采用柴油，或天然气。采用重油的最主要原因是因为其相对便宜的价格。另外，虽然在陆地上，有各种各样的法规约束污染物的排放，直接导致燃料的升级换代，在海上却没有这些限制。虽然重油的污染大很多，毕竟成本也低很多。
轮船的燃料有多种，主要包括馏分燃料油和残渣燃料油两种。馏分燃料油包括：柴油、4#燃料油等；残渣燃料油主要包括120CTS、180CTS、380CTS等。
一般轮船拥有两套动力系统，即主机和辅机。一般主机的燃料是残渣燃料油，辅机的燃料是馏分燃料油。根据海洋公约和港口要求以及各个国家和地区的环境保护法规的规定，轮船在距离海岸线的一定距离外可以燃烧残渣燃料油，而进入港口和一些特殊地区必须燃烧馏分燃料油。同时，轮船在进行一些精细操作和恶劣条件系的航行时为保证安全也燃烧馏分燃料油。
另外，需要特殊说明的是，我所说的轮船是指大吨位的油轮、杂货论、进装箱船等，一般的小吨位船，由于配置的发动机不同，所选用的燃料也有一些差异，如渔船一般只用4#燃料油。