1、工业污染
过去饮用水水质超标大多表现在感观和细菌学指标方面，现在由于工业污染，饮用水水质则是越来越多的化学甚至毒理学指标超标，直接饮用地表水或浅层地下水的农村居民饮水质量和卫生状况难以保障。一些农村靠近工业区，工厂排放的废水经过多种途径直接进入村民饮用水源，工厂废气中的有害物质通过降雨、直接沉降等多种方式也进入到饮用水源。
2、农业面源污染
面源污染是指在农民生活与农业生产过程中，由于不合理使用农药化肥等化学投入品，以及人畜粪便和垃圾随意排放，使氮和磷等营养物质、农药及其他有机或无机污染物质，通过地表径流或农田渗漏，造成对江、河、湖泊等水体污染。农业面源污染具有影响范围大、因素多、方式复杂、强度难以定量评估等特点。
3、高氟水、高砷水、苦咸水
我国饮用高氟水的人口主要分布在华北、华东、东北及西北地区的部分省（自治区)，长期饮用高氟水，会产生地方性氟中毒，包括氟斑牙和氟骨症等，直接威胁到人民群众的身体健康。饮用高砷水的人口主要分布在内蒙古、湖南、江西、吉林等省（自治区)，饮用高砷水不仅损害近期人体健康，尤为严重的是，会引起人体长期恶性化改变，如癌变、突变和畸变。农村饮用苦咸水的人口主要分布在华北、西北、华东等地区，长期饮用苦咸水会引起高血压、心血管等方面的疾病。
4、供水方式落后，水质监测不力
据初步统计，全国9亿多村镇居民的自来水普及率约为40%，其中镇区约50%，村庄仅30%左右。农村地区集中供水率低，大部分地区都是直接从河道、坑塘、山泉、水库、浅层地下水取水，供水设施简单，几乎无净水处理设施，饮水工程建设标准低，管理设施不完善，造成饮用水中细菌学指标污染物、有害矿物成分超标等严重问题。农村饮用水源水质监测还基本处于空白状态，存在底数不清、监测力量严重不足的问题。
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